Kloostri rajasid 14. sajandil tsistertslaste ordu mungad. Koos vaheaegadega ehitati kloostrit kokku üle 200. aasta. Pärast viimaseid ulatuslikke restaureerimistöid on klooster külastajatele avatud. Kloostri keskaegsest sisustusest on säilinud Harju-Risti kirikus asuv 14. sajandi kirikukell (Eesti vanim) ning haruldane Kolgata grupp, mida eksponeeritakse Niguliste kirikus. Huvitav teada: Padise kloostri kirikusaal on tänu heale akustikale ja erilisele aurale kujunenud hinnatud kontserdipaigaks. Klooster on kultuurimälestiste registeris.